甲公司先乙公司签发金额为200000元的支票，用于支付货款，乙公司按期提示付款时被告知甲公司再付款人处实有的存款金额仅为100000元，乙公司有权要求甲公司支付的赔偿金是多少，由中国人民银行处以多少的罚款

根据《中华人民共和国票据法》的规定，支票的出票人所签发的支票金额不得超过其付款时在付款人处实有的存款金额。如果甲公司在乙公司提示付款时被告知其在付款人处的实际存款金额只有100000元，那么甲公司就应当按照该金额向乙公司支付货款并承担相应的赔偿责任。
至于乙公司有权要求甲公司支付的赔偿金和由中国人民银行处以的罚款的具体数额，需要根据实际情况进行计算。一般来说，赔偿金的数额应当与甲公司的过错程度、给乙公司造成的损失等因素有关。而罚款则应当根据相关法律法规的规定进行计算。