根据规定，当事人以生产设备等设定抵押，抵押权自抵押合同生效时设立。但未经登记，不得对抗善意第三人。在本题中，甲公司以其数控机床向乙银行提供抵押担保时，未办理抵押登记，因此，抵押权人乙银行不能对抗善意第三人。