企业应当依据《企业所得税法实施条例》的规定，按纳税年度准备并按税务机关要求提供其关联交易的同期资料。同期资料包括主体文档、本地文档和特殊事项文档。下列企业年度关联交易金额，应当准备本地文档的有( ) 。

A:年度关联交易总额超过10亿元

B:无形资产所有权转让金额超过1亿元

C:有形资产所有权转让金额（来料加工业务按照年度进出口报关价格计算）超过2 亿元

D:其他关联交易金额合计超过4000 万元

答案是D，因为根据《企业所得税法实施条例》的规定，企业应当按照关联交易的金额准备相应的文档，A、B项均超过10亿元、1亿元，因此都要准备文档；C项涵盖了实体资产的转让金额，超过2亿元时也应准备文档；D项的其他关联交易金额合计超过4000万元，因此也应准备文档，所以答案就是D。这里运用的知识是企业所得税法实施条例，对企业的关联交易进行管理和规定，要求企业按照所得税法实施条例的规定准备相应的文档。